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“我几乎觉得宇宙如此强烈地偏爱生命,令人不安”——Nick Lane
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“我几乎觉得宇宙如此强烈地偏爱生命,令人不安”——Nick Lane

摘要

  • Lane的核心判断是:生命在热力学上成本低,复杂性却不是。 在碱性热液喷口中,CO2与氢气跨越质子梯度发生反应,形成细胞所需的化学过程;而在橄榄石于压力和温热条件下与水反应的湿润岩质行星上,这套化学过程更容易发生。因此,他估计银河系中这类行星有“200亿、300亿、400亿”颗,并明确承认是在“凭空抓一个数字”,猜测其中约50%能走到核苷酸。真正的瓶颈远在下游:真核生物在40亿年里只出现过1次;如果“曾经有过”第2次起源,“也已经消失得无影无踪”。
  • 机制在于能量,而非信息。 细菌和古菌合计拥有远多于真核生物的基因,也有40亿年时间搜索序列空间,却始终没有跨过去——“不在基因里,也不是信息的问题。一定还有别的东西在控制它。”那就是线粒体:将膜电荷内置化,才让细胞有能力变大、携带庞大的基因组。
  • Dwarkesh持续不断的反驳是本期最精彩的部分,而Lane并没有彻底说服他。 既然有数十亿颗行星,为什么没有任何谱系找到另一条路,造出“一个更小的基因组副本,位于呼吸部位旁边”?Lane拒绝下绝对结论——他引用Orgel第二定律:“进化比你聪明”——但也反驳说,挥手把问题归因于进化的聪明并不是科学:“动动脑子,告诉我它究竟要怎么运作。”
  • 他的证据是反复出现的失败模式,而非证明。 6或7个彼此无关的巨型细菌谱系都以同一种方式解决体型问题:极端多倍体,拥有数万份约3,000个基因的基因组;其中最大的携带70万—80万份拷贝,但没有任何一个建立起物质运输网络。他给出的校准数字是:“1,000颗有生命的行星里,有999颗看起来会和我们一样,剩下1颗才是我从未想到过的东西。”
  • 两性源自线粒体质量控制。 线粒体DNA以无性方式传递,并通过穆勒棘轮逐渐腐化——100份拷贝中有2份坏掉时,98份正常拷贝会把问题遮蔽掉——因此单亲遗传是一种抽样装置,把好拷贝和坏拷贝集中到不同的子细胞中,让选择机制能够识别它们。对交配机会而言,两性是“所有可能世界中最糟糕的一个”;它之所以保留下来,部分原因是“为了尽量减少错误”。
  • 可证伪的边界说起来都很简单,这正是真理论的特征。 如果找到1种没有极端多倍体的巨型细菌,“我的想法就已经开始瓦解”;如果无法在水中驱动嘌呤合成——这套过程有12个不稳定步骤,目前只能在甲醇中完成——起源故事就会失败。要完成完整的代谢通量演示,时间表是“数十年”。Lane的工作姿态是:“你必须相信自己很可能是错的,但无论如何继续前进。”
  • 最具潜在回报的推测方向是麻醉剂与线粒体的关系,而这一方向是Luca Turin提示给Lane的。 如果感觉是真实存在且经过演化的,选择机制就曾经“看到”过它们,因此感觉必须是物理的、可测量的——可能是呼吸复合体I的膜电位释放出的电磁场。无聊的结果是,麻醉剂只是造成ATP不足。“如果这是真的,那就太乏味了。”有意思的结果是:“如果这是真的,那就太神奇了。”

精读

1. 复杂生命在40亿年里恰好只出现过1次

  • Lane开场时先搭起框架:所有大型且肉眼可见的生命——我们、植物、真菌、变形虫、藻类——都由同一种细胞类型构成;在电子显微镜下,单细胞藻类拥有的整套装备,和他某个肾细胞里的装备完全相同。它们共享这套装备,是因为它“只出现过1次”:“可能有过多个起源,但没有证据支持。如果曾经有过,它已经消失得无影无踪。”
  • 他由此得出的推论是整个论证的支柱。细菌和古菌合计拥有更多基因和更强的多样性,也有40亿年时间探索序列空间,却始终没有找到那个诀窍——“不在基因里,也不是信息的问题。一定还有别的东西在控制它。”那就是线粒体的获得。
  • 时间点和唯一性同样重要:这次事件大约发生在生命历史走过20亿年之后,随后“又经历了漫长的间隔,才出现动物”。把时间拨回200万年前,人类也不存在。“我们不过是蛋糕上的糖霜。”

2. 最初的细胞是岩石里的孔洞,不是闪电劈出来的

  • Lane认为,Bill Martin和Mike Russell在21世纪初发表的研究打开了这扇门。他们设想的深海热液喷口不是从烟囱中喷涌而出的黑烟囱,而是“一块矿化海绵,布满了结构上类似细胞的孔洞”——早期海洋的酸性水从外部渗入,内部是碱性热液,“于是你有了屏障,有了内外之分,还有更多质子从外部进入,可能驱动做功”。
  • 让这套设想对研究者具有说服力的,是膜电荷的普适性。它在厚度仅5纳米的膜两侧形成150–200毫伏的电势差:如果缩小到分子尺度站在旁边,“你会感受到每米3,000万伏的电场,相当于一道闪电”。ATP合酶是一台“旋转的纳米马达”,和核糖体一样高度保守,因此可以追溯到所有细胞的共同祖先。
  • 这套表述仍然保留了原有的谨慎程度:“细节非常不确定。究竟能不能用这种方式真正驱动任何生物化学反应,也非常不确定。”真正令他兴奋的是连续性:如果生命确实以这种方式起源,那么细菌之所以在膜上携带电荷,是因为热液喷口中一开始就有这股电荷,并从最初起便驱动做功。

3. CO2是一块乐高积木,构件会自行掉出来

  • Lane的实验室正在追踪的化学过程是:氢气与CO2反应,得到克雷布斯循环中间体——由2至5个碳组成的羧酸;加入氨,就得到氨基酸;加入氢气,就得到糖;让氨基酸与糖反应,就得到核苷酸。催化剂来自喷口壁上的镍、铁硫化物,正是今天酶仍在使用的同一批金属。
  • 为什么是碳而不是硅?“我把CO2想成一块乐高积木,你把它从空气中摘出来,再把它绑到某个东西上。这样你就能一次搭一块,逐步构建出复杂物质。”有了智能设计,人类可以制造复杂的AI机器人,“但整个过程需要人来完成”;而一颗刚刚起步的行星没有设计者,因此需要分子自行完成化学反应。
  • 实验室结果稳健且指向明确:长链脂肪酸与其他长链烃混合后,会在70–90°C、pH 7至12的范围内,并在钙、镁及其他盐类存在时,自发形成双层囊泡。在显微镜下,它们是“极其动态的东西”,不断融合、分裂,有时一分为二,有时一分为三。
  • 遗传性先于复制子出现,而Lane对术语使用很严格。确定性的化学反应产生2倍数量的分子,原始细胞随之分裂,“这就已经具有某种遗传性”。但“我会谨慎使用‘复制子’这个词”——他把这个词保留给RNA。把RNA困在不断生长的原始细胞里,两者便共享同一种命运:“复制子是基因,但被复制的系统是细胞。”

4. 地球是一块电池,会萌发出一批小型生命电池

  • Dwarkesh直接提出了另一幅图景——“生命是某个弗兰肯斯坦式的瞬间,东西被电击后活了过来”,由闪电制造有机物;Lane毫不客气地打断:“我讨厌这个想法,但你继续说。”
  • 他喜欢的对应关系是:细胞内部还原且呈碱性,外部氧化且呈酸性。行星也是如此——电子被锁在地核和地幔的铁里,CO2溶解在海洋中,地壳充当膜,热液系统则负责内外之间的物质运输。“细胞就是一块小电池,结构和地球相同。”
  • 随后他又给自己最喜欢的意象加了一道护栏,这也很符合整场对话的基调:“地球是一块巨型电池,能够产生小型的、类似细胞的微型电池,这是个相当美的想法。你不能让自己过度沉迷于隐喻,但这确实是一幅美丽的图景。”

5. 只要湿润且岩质就够了——这已经近乎令人不安

  • 按Lane的说法,就连热液喷口也不是偶然产物。它们由橄榄石形成,橄榄石“在星际尘埃中非常常见”,也是地球地幔的主要物质;在海底压力和温热条件下与水反应,就会在碱性流体中产生“大量氢气”。早期火星有海洋时,那里就有相关证据;如今的冰卫星上也存在。Cassini曾发现Enceladus喷出羽流,其中含有有机物和氢气,pH为8或9,这意味着在据称约5公里厚的冰层下方,存在液态海洋。
  • 被追问数字时,Lane给出了一个大胆估计。银河系中的湿润岩质行星和卫星:“大约是200亿、300亿、400亿这个量级。”能走到核苷酸阶段的比例——Dwarkesh追问“超过1%?”——“是。我会猜大概50%。”他自己也标注了这一数字的认识论地位:“你说这是凭空抓一个数字。我做的正是你说的那件事。”
  • 对于更远的演化阶段,他预计遗传密码会存在相似性,代谢过程看起来会很熟悉,且会由膜电位驱动做功,因为“如果你处理的是CO2和氢气,就会遇到同一个根本问题”。但他明确保留了限定:“离开CO2固定、越靠近遗传学,能找到的相似性就越少。”
  • Dwarkesh提出神学追问:“如果我是一个敬畏上帝的人……这就是对智能设计的证明。”Lane没有回避,而是表示同意:“我同意。我几乎觉得这有点令人不安。”与这套图景相容的是一种自然神论式的上帝,也就是Einstein意义上的上帝:“一种非常冷峻的‘热力学之神’,启动宇宙运行的法则,并可重复地产生同一类事物。”Lane怀疑,很少有人会从中获得安慰。

6. 真核生物瓶颈,以及Dwarkesh拒绝接受这个解释

  • 内共生之所以困难,是因为原核生物体型小,吞噬另一种细胞并不常见;即便有细胞进入体内,也可能“发生过几十次”,却没有稳定下来。嗜盐古菌似乎曾从同一来源获得“超过1,000个细菌基因”,这可能意味着它们曾拥有一个后来丢失的内共生体。Santa Fe的建模研究发现,“在大多数条件下……不参与这种共生反而更有利”。
  • Dwarkesh持续施压,并把整件事压缩成一个具体规格:“你需要一个更小的基因组副本,它只负责呼吸,并且要分布在整张膜的另一侧,还要有很多份。”既然有数十亿颗充满原核生物的行星,原核生物只要变复杂就能占据大量生态位,“为什么它们没有任何一个找到线粒体之外的替代方案?”Lane承认这个问题的力度:“我知道你的意思。”
  • 他的回答始终是概率性的,从不下绝对结论。他引用Orgel第二定律:“进化比你聪明”,承认自己无法排除其他路径;但他也反过来指出:“说‘进化如此聪明,宇宙如此庞大,一定还有别的方式能实现这一点’,同样只是挥手。你得动动脑子,告诉我它究竟要怎么运作。”而诚实的结尾是:“这不是我梦想拥有的立场,只是我对地球生命了解到的一切,逼着我站到这个位置上。”
  • 经验层面的支柱,是一个反复出现的失败模式。6或7个彼此无关的巨型细菌谱系最终都采用了极端多倍体——拥有数万份由3 Mb、约3,000个基因组成的基因组,最大者达到70万—80万份拷贝——代价是巨大的能量消耗,却没有建立任何物质运输网络。“遗传空间根本不够。”他的校准是:1,000颗行星中可能有999颗看起来和我们一样,剩下1颗才是他从未想到过的东西。

7. 两性存在,是为了保持线粒体DNA的洁净

  • 经验法则是,雌性传递线粒体,雄性不传递;即使在配子外观完全相同的单细胞生物中,这一规律也成立。核基因通过性繁殖获得变异,再交给选择机制。线粒体则没有这种机制——它们以无性方式、以多份拷贝传递,并通过穆勒棘轮逐渐衰败:100份拷贝中有2份发生突变,98份正常拷贝会补偿它们,“那2个突变究竟要付出什么代价?并不大。”
  • 解决方案是人为制造变异,而单亲遗传正是制造这种变异的方式。把10%的线粒体随机分配给每个子细胞,“随机地,这个细胞碰巧拿到了所有好拷贝,那个细胞碰巧拿到了所有坏拷贝”;此时选择机制终于能够将二者区分开来。只从一个亲本获得线粒体,则可以避免混合两套突变负担:“单亲遗传给你的只是一个子集。”
  • 为什么止步于2种性别,是另一个谜题。Lane把两性称为“所有可能世界中最糟糕的一个”——你只能与50%的人口交配,而雌雄同体可以和所有个体交配。一些真菌拥有多达27,000种交配类型,纯粹是为了促进异交(Dwarkesh:“如果你今天去过一些大学校园,就会发现它们正在复制其中一部分。”Lane:“正在变成真菌,是的。”)。但即使在真菌中,最终也要有一套优先级决定谁传递线粒体,而复杂系统会出错。两性“部分上是为了尽量减少错误”。

8. Y染色体已经退化——但这最终可以承受

  • Dwarkesh问,持续制造精子为什么没有像损耗卵细胞线粒体那样摧毁Y染色体。“确实摧毁了。Y染色体已经退化。”(Dwarkesh立即回应:“我就要把这句话做成标题。”)
  • 这种不对称源于两种性别各自需要保护的对象不同。雄性不传递线粒体,因此可以自由地大量生产充满突变的精子——James Crow那句得到Lane认可的话是:“在人群中,没有什么遗传健康风险比得上年长且仍具生育能力的男性。”雌性则把卵母细胞“放在冰上”,尽可能将它们关闭,并“娇惯地保护它们”。
  • UCL的Ursula Mittwoch在20世纪60年代发表了约15篇Nature论文,她提出,胚胎发育中最早能检测到的性别差异,并不是SRY启动,而是生长速度。Y染色体编码一种生长因子,发出“快速生长”的信号;雄性能够承担这一点,因为它们不需要保存生殖系,雌性则必须先经历延迟阶段,把生殖系隔离保护起来。Mittwoch认为这正是雌性寿命更长的原因,而Lane仍保留限定:“我们并不能确定这是真的”,尽管在果蝇中也成立。
  • 退化之所以能够承受,是因为只要SRY还能正常工作即可,而不育雄性会让损坏的拷贝被淘汰。同样的人口规模逻辑,也让线粒体基因组从3,000或4,000个基因缩减到“我们自身案例中的37个”:自由生活的细菌拥有100万规模的种群,而藏在细胞内部的细菌种群规模只有5。“你不可能维持一个细菌大小的基因组。”

9. 细菌从不需要性繁殖,原因在于规模上限

  • 它们的替代方案是水平基因转移:从环境中捡起小片段DNA,通常只有1个基因的长度,而且多发生在受压状态下,“把它接入自己的基因组,然后听天由命”。之所以可行,是因为细菌维持着小基因组,背后却有一个庞大的泛基因组:一个大肠杆菌细胞可能携带3,000至4,000个基因,但能接触到30,000至40,000个基因;肠道、皮肤和致病菌株之间的基因组差异可以达到50%,同时又彼此借用基因。
  • Dwarkesh用GitHub打了个硅谷式比方:重组就像一个带有diff的分支,维护者可以把它合并;无性克隆则像数百万个分叉仓库,随机改变某个变量,却“没有合并功能”;水平转移则像把网页代码中500行随机内容粘进航空软件。Lane接受这个比方,但补充了一点——转移过来的片段会与原有基因组中已经存在的部分对齐,“所以不完全是随机的,但你不知道自己放进了什么。”
  • 它为什么无法扩展到真核生物?基因组扩大10倍,就意味着要捡起10倍的DNA,才有机会碰到正确的基因;而每个基因盒都是一次接近突变的赌博,“所以做得越多,也越可能让自己退化”。线粒体提供了容纳大型基因组所需的能量;但“维持大型基因组,需要某种系统化且相互配合的机制”——把整个基因组对齐,然后进行交叉互换。“细菌从来没有这个需求。”

10. 什么会杀死这套理论,以及那个可能带来魔法结果的实验

  • 当被问到什么观察最有价值时,Lane优先选择观察而不是实验,并主动给出了能推翻自己理论的结果:“如果我断言巨型细菌总是会有极端多倍体……而你找到一个不是这样的例子,我的想法就已经开始瓦解。这种信息很有用。”
  • 他很想潜入Lost City,但认为那几乎不会教给他什么:今天的海洋富含氧气,却没有铁或镍;喷口壁由文石和水镁石构成,而不是催化性矿物。真正的工作要在厌氧手套箱中让氢气与CO2反应——过程缓慢、容易污染,还得一次次重启。关键在嘌呤核苷酸:它有12个包含不稳定中间体的步骤,目前只能在甲醇中完成,而不是水中。Joseph Moran的团队也在推进同一方向。完成完整代谢通量演示所需的时间是“数十年”。
  • 他的认识论立场说得很直白:“有太多美丽的想法,最终被丑陋的事实杀死。相信自己是对的没有好处。你必须相信自己很可能是错的,但无论如何继续前进。”
  • 这个最大胆的变量来自Luca Turin——麻醉剂会影响线粒体,而它们也作用于没有神经系统的生物,包括变形虫。Lane的推理链条是:感觉是真实的,感觉经过了演化,因此选择机制能够识别感觉,所以感觉是物理的,原则上也可以测量。一种细菌每秒大约运行“10亿个反应”,却仍然必须判断自己是什么、接下来该做什么;他提出的候选信号,是膜电位释放出的电磁场,它将代谢状态传递给外部环境。可能的结局有2个,他都说得很清楚:麻醉剂只是造成ATP不足——“如果这是真的,那就太乏味了”;或者它们干扰了呼吸复合体I产生的电磁场。“如果这是真的,那就太神奇了。”